Si bien su sede central está en Puerto Belgrano, tiene varias dependencias en otros asientos militares.

El 5 de enero de 1907 fue creada la Policía de Establecimientos Navales. Cumple la función judicial y de policía de seguridad en los lugares sometidos a jurisdicción militar.

Actualmente, la fuerza efectiva de la PEN está compuesta por oficiales y suboficiales distribuidos en distintos destinos de la Armada, repartiéndose entre la Base Naval Puerto Belgrano, la Base Aeronaval Comandante Espora, la Base de Infantería de Marina Baterías, la Base Naval Mar del Plata, y los Destacamentos de la Dirección de Abastecimientos y Transportes Navales en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires.

La Policía de Establecimientos Navales cumple la función de policía de seguridad y judicial en los lugares sometidos exclusivamente a jurisdicción militar.

Depende del Estado Mayor General de la Armada y está directamente subordinada al Comandante, Director o Jefe del Establecimiento Naval en donde está desplegada.

“La Policía de Establecimientos Navales se creó y organizó el 5 de enero de 1907, denominándose entonces Policía del Puerto Militar, según consta en la correspondencia administrativa asentada en el historial del Arsenal del Puerto Militar, siendo puesta en funciones por una resolución interna local en la que se determinó que estaría regida por los reglamentos de la Policía de la Capital Federal y por disposiciones dictadas por la Jefatura del Arsenal. Este cuerpo tenía como misión el cumplimiento de funciones de seguridad y vigilancia dentro de la zona militar”.

Asimismo “el 6 de septiembre de 1935 por Orden General de la Armada, se formalizaron sus funciones y se asignaron sus dependencias, designándose a partir de ese momento a la sede como Comisaría de la BNPB. Así, para 1958 la Policía adoptó su actual denominación de Policía de Establecimientos Navales y el Gobierno Provisional, mediante el Decreto Ley N° 5.177/ 58, aprobó su Estatuto, asignándole funciones de Policía de Seguridad y Judicial en todos los Establecimientos Navales, dándole con ello la fuerza de Ley a su accionar, Decreto Ley que fue ratificado ese mismo año por la Ley N° 14.467”.